Identificación rápida de patógenos vegetales

Tami Terella-Faram, del USDA, informa que científicos del ARS en Corvallis, Oregón, en colaboración con la Universidad Estatal de Oregón, desarrollaron una plataforma de vigilancia de enfermedades que podría mejorar la agricultura estadounidense al abrir camino al futuro de la sanidad vegetal. 

PathogenSurveillance se basa en software de código abierto y puede analizar e identificar rápidamente nuevas variantes microbianas basándose en secuencias de ADN y el artículo científico lo firman Zachary S. L. Foster et al.

El sistema automatizado PathogenSurveillance es una innovadora herramienta de flujo de trabajo que ayuda a los científicos a responder en tiempo real a patógenos y plagas invasoras emergentes o reemergentes. 

La plataforma de vigilancia,  indica Terella-Faram, mejorará la sanidad vegetal y ayudará a reducir la propagación de enfermedades nuevas y emergentes en ecosistemas agronómicos, urbanos y forestales.

“Este proceso genómico revoluciona la sanidad vegetal, permitiéndonos identificar cualquier microbio, plaga o patógeno en cuestión de minutos u horas una vez que se dispone de la secuencia genómica”, dijo Nik Grunwald, fitopatólogo investigador del ARS en la Unidad de Investigación de Manejo de Enfermedades y Plagas de Cultivos Hortícolas en Corvallis. 

“El proceso genómico puede utilizarse para la biovigilancia en tiempo real de patógenos conocidos o desconocidos con relativa rapidez, lo que reduce drásticamente la barrera para la adopción y el uso de PathogenSurveillance”.

Grunwald añadió que, dado que todo se basa en la secuenciación, esta herramienta puede utilizarse para monitorear la evolución de plagas/patógenos en tiempo real, lo que proporciona información sobre cómo cambian las poblaciones, surgen variaciones y ocurren nuevas invasiones. 

La plataforma también se puede implementar fácilmente para identificar un patógeno específico o para monitorear la aparición de nuevas cepas o variantes de enfermedades.

“Las muestras se envían a un laboratorio local, y el genoma resultante se secuencia y se carga en el sistema de software de procesamiento para su identificación”, explicó Grunwald. “De este modo, se puede monitorear la variación en los genomas a lo largo del tiempo y el espacio mediante la comparación de genomas”.

Esto permite que PathogenSurveillance sea utilizado por laboratorios o clínicas con poca experiencia computacional, y proporciona “una capacidad sin precedentes para el diagnóstico de plagas y patógenos en campo o en el punto de atención”, según Grunwald.

La plataforma PathogenSurveillance también permite a los científicos introducir de una a varios cientos de muestras de población con genomas de pequeño a moderado tamaño, incluyendo bacterias, hongos, insectos y nematodos, para la vigilancia e identificación de patógenos.

El resultado del programa también es intuitivo para el usuario, ya que puede proporcionar gráficos de diversidad genética y crear informes en formato HTML interactivo.

“Esto beneficiará a investigadores, clínicas de enfermedades y profesionales del diagnóstico en su labor de identificación de variantes clonales o de otro tipo, como la roya del tallo UG99 o la NA2 de la muerte súbita del roble”, añadió Grunwald.

Los científicos pueden descargar El software PathogenSurveillance puede descargarse en: https://nf-co.re/pathogensurveillance/1.0.0/

En España, Valgenetics detecta agentes causales de enfermedades de plantas

ValGenetics es una empresa especializada en ofrecer soluciones globales de sanidad vegetal y genética de plantas. 

“Aplicamos el conocimiento académico al desarrollo de respuestas científicas a las necesidades clave para el sector agrícola, agroalimentario y biotecnológico. Detectamos los agentes causantes de enfermedades perniciosas, asegurando el cultivo de plantas libres de patógenos. Apoyamos el desarrollo de productos bioestimulantes garantizando la trazabilidad genética de las variedades cultivadas.”

Los  servicios incluyen:

• Amplia gama de plataformas diagnósticas
• Identificación genética de todo tipo de organismos fitopatógenos
• Diagnóstico y manejo de enfermedades pertinaces y persistentes en invernadero y campo
• Manejo de todo tipo de matrices vegetales, agua, suelo y superficies
• Diagnóstico con elevada sensibilidad, repetitividad y especificidad
• Análisis realizados por un equipo científico
• Tiempos de entrega de resultados de 24 horas

El diagnóstico fitopatológico específico incluye:

• Detección e identificación de un determinado organismo fitopatógeno en una muestra infectada
• Detección con toda fiabilidad de organismos patógenos causantes de enfermedades en material vegetal, suelo y agua
• Identificación de cepas, subespecies y patovares de organismos fitopatógenos
• Detección específica de organismos fitopatógenos vivos en planta, semillas, agua y sustratos infectados
• Análisis fitopatológicos para la importación y exportación de material vegetal (frutos, raíces, semillas, plantas y sustratos)
• Detección de organismos fitopatógenos no cultivables o recalcitrantes

El diagnóstico fitopatológico complejo abarca:

• Detección de todos los organismos presentes en una muestra infectada en un solo análisis
• Diagnóstico preciso de enfermedades complejas y persistentes en campo o en invernadero
• Investigación y asesoramiento en casos de crisis sanitaria en instalaciones agrarias o agroalimentarias
• Estudio y diagnóstico de enfermedades de etiología desconocida
• Recuperación de variedades infectadas combinando precisión diagnóstica, saneamiento para eliminar los patógenos.
• Análisis del balance de la microbiota patogénica / beneficiosa previo a tratamientos o plantación.

Fuentes

Tami Terella-Faram, ARS Scientists Develop Innovative Pipeline to Analyze Plant Pathogens, https://www.ars.usda.gov/news-events/news/research-news/2026/ars-scientists-develop-innovative-pipeline-to-analyze-plant-pathogens/?utm_medium=email&utm_source=rasa_io&utm_campaign=newsletter

Zachary S. L. Foster, Martha A. Sudermann, Camilo Parada-Rojas, Logan K. Blair, Fernanda Iruegas-Bocardo,  Upasana Dhakal,  Ricardo I. Alcalá-Briseño,  Alexandra J. Weisberg, Hung Phan, Tori Raine Schummer,  Jeff H. Chang,  J. Grünwald
PathogenSurveillance: an automated pipeline for population genomic analyses and pathogen identification
doi: https://doi.org/10.1101/2025.10.31.685798
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.10.31.685798v2

Valgenetics, https://fito.valgenetics.com/

La imagen es del virus de la clorosis del tomate, ToCV, "Científicos profundizan en la dinámica del virus de la clorosis del tomate", https://agroautentico.com/2024/08/cientificos-profundizan-en-la-dinamica-del-virus-de-la-clorosis-del-tomate/